ŠTO JE OTKRILA PRVA DETALJNA ANALIZA GENOMA VIRUSA SARS-CoV-2: Klada G, najzarazniji soj koronavirusa, dominantna je i na području Hrvatske

Znanstvenici iz američkog Nacionalnog laboratorija u Los Alamosu identificirali su da je jedan soj novog koronovirusa, klada G, postao dominantan u cijelom svijetu, uključujući i Hrvatsku. Taj se soj čini zaraznijim od ostalih, a u Europi se pojavio još u veljači te je “migrirao” na istočnu obalu SAD-a.

- Trenutačno prema resursu Nextstrain.org vidimo oko 12 tisuća genoma virusa SARS-CoV-2 i tri glavne klade, S, V i G, te još šest do osam manjih klada.

Varijacije

Dakle, dominatne su S, V i G klade. Pritom, G klada sadrži često spomenuti soj virusa koji posjeduje mutaciju D614G u proteinu S, što su i znanstvenici iz Los Alamosa razmatrali - rekao nam je dr. Oliver Vugrek, voditelj Laboratorija za naprednu genomiku Instituta “Ruđer Bošković” (IRB) u Zagrebu.

Podsjetimo, dr. Vugrek je zajedno izv. prof. Igorom Jurakom s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te prof. dr. sc. Tomislavom Rukavinom i dr. med. Nevenom Sučićem s Medicinskog fakulteta u Rijeci i Nastavnog zavoda za javno zdravstvo u Rijeci, proveo prvu detaljnu analizu genoma virusa SARS-CoV-2. Znanstvenici su tom prilikom sekvencirali i analizirali 21 genom virusa izoliranih kod nekih pacijenata.

- Virusi u Hrvatskoj koje smo imali priliku analizirati su pretežito, oko 80 posto, iz klade G i imaju poznatu mutaciju D614G u S proteinu virusa. Imamo još drugih varijacija, i u pripremi je znanstveni članak o tome, pa ne mogu sad komentirati više detalja - naglasio je Vugrek. Naš sugovornik naglasio je da je sadašnji razvoj cjepiva upravo fokusiran na S (spike) protein virusa SARS-CoV-2.

- Dio S proteina dosad se dokazao najviše podložan mutacijama, pa to treba imati u vidu i što se tiče razvoja cjepiva i njegove djelotvornosti. Virus se ne mijenja toliko brzo kao influenca, no ipak se mijenja. Promjene treba konstantno pratiti. Pojedine populacije teoretski mogu razvijati svoj dominantni soj, koji će biti možda biti drugačiji i s drugačijim svojstvima - pojasnio je Vugrek.

Nagađanja

Naš sugovornik se osvrnuo i na nagađanja o razlikama u smrtnosti pojedinih sojeva.

- Prema znanstvenom radu Yao et al. 2020 se to može zaključiti. Naime, u in vitro pokusima koristeći Vero-E6 stanice (u tim stanicama se propagira virus u laboratorijskim uvjetima), te različite SARS-CoV-2 izolate, znanstvenici su primijetili značajne promjene u tzv. viral load, što je opterećenje stanica brojem virusnih čestica.

Neki izolati su imali do 270 puta veće opterećenje, što je rezultiralo značajno većim brojem smrti stanica. Neki od korištenih izolata su imali promjene u S proteinu virusa. Nema još ‘in vivo’ studija o tome, tako da treba sve podatke interpretirati s rezervom - naglasio je Vugrek.

Ronald Goršić / CROPIX

Oliver Vugrek